病理AI迎来转折点:16个模型助力,从实验室到诊室,实现真正应用
后。然而,这些强大的工具绝大多数都“躺”在实验室里,难以真正融入医院的日常诊断流程。问题出在哪?如何让这些AI模型顺利“上岗”?Genome Medicine上发表了一项突破性研究,研究者们开发并验证了一个标准化、开源的框架,成功将16个深度学习模型无缝接入医院信息系统(AP-LIS),使AI辅助诊断准确率提升至81.6%。
深度学习模型在病理诊断领域展现出巨大潜力,能辅助病理医生识别肿瘤、预测基因突变和癌症预后。然而,这些强大的工具绝大多数都“躺”在实验室里,难以真正融入医院的日常诊断流程。问题出在哪?如何让这些AI模型顺利“上岗”?Genome Medicine上发表了一项突破性研究,研究者们开发并验证了一个标准化、开源的框架,成功将16个深度学习模型无缝接入医院信息系统(AP-LIS),使AI辅助诊断准确率提升至81.6%。
研究背景:AI病理诊断的“最后一公里”障碍
数字病理学(Digital Pathology, DP)通过全玻片扫描技术(WSI)革新了癌症诊断,并催生了大量基于深度学习(DL)的辅助诊断工具。然而,数字病理学虽催生大量AI工具,但临床采用率不足5%,成为关键瓶颈。
究其原因,首先是临床应用需要全流程数字化,但因文化与技术的双重挑战,仅有少数病理科真正实现了全流程数字化。其次,前瞻性临床验证的缺失和监管审批的要求,也为AI诊断工具的临床使用设置了高高的门槛。此外,AI诊断通常未被纳入常规报销范畴,给医疗机构带来了沉重的经济负担。
研究方法:意大利病理科的创新实践,打造开源“桥梁”
为攻克这些难题,研究人员在意大利一所完全数字化的病理科——卡塔尼亚医院病理科展开研究,该科室自2019年起便转向全数字化诊断流程。研究构建了一个基于Python的服务器-客户端架构,核心是连接AP-LIS和外部AI决策支持系统(AI-DSS)。研究涉及的硬件与软件配置堪称“豪华”,开放工具链赋能多场景。例如使用WSInfer,可支持16种预训练模型,覆盖从组织分类(如肿瘤/非肿瘤)到临床标志物预测(如TP53突变)。
标准化的无缝整合
研究团队利用HL7标准,将AP-LIS与AI决策支持系统(AI-DSS)紧密相连。当新的切片被数字化后,系统会根据组织类型和染色方法自动选择合适的DL模型进行分析;病理学家也可以根据需求手动选择特定DL模型。这种“默认模式”与“按需模式”的结合,确保了DL模型能够灵活地融入日常病理诊断工作流。
开源DL模型的便捷集成
研究不仅整合了多个开源DL模型,还通过QuPath软件为模型推理结果提供了直观的可视化。例如,测量图用于展示二分类任务的预测分数,色图用于呈现多分类任务的预测类别,密度图则用于突出显示注意力MIL模型中具有较高注意力分数的区域。这些可视化方式显著降低了病理学家理解和应用DL模型预测结果的门槛。
灵活的部署框架
研究团队开发的框架支持多种类型的分类任务,包括肿瘤检测、临床生物标志物预测以及癌症相关死亡风险预测等。框架不仅兼容不同扫描仪的专有图像格式,无需人工干预即可自动部署DL模型,还允许病理学家通过AP-LIS虚拟切片托盘直接启动分析请求。
研究结论
框架成功整合了16个预训练DL模型,涵盖肿瘤检测(乳腺、肺、胰腺、前列腺、淋巴结转移)、组织分型(结直肠)、临床生物标志物预测(TP53, BRAF, MSI)和癌症死亡风险预测(肾乳头状细胞癌、胶质母细胞瘤-低级别胶质瘤)。在452个分析请求的监测中,处理一个WSI(从请求到完成)的中位时间为2.47分钟。核心的模型部署和QuPath项目创建仅需中位18秒。
用户反馈(5位病理医生):
易用性高:所有用户认为框架整体直观或非常直观。结果在切片托盘的可视化几乎即时完成。QuPath中的热图可视化被多数认为直观,加载速度足够快。按需请求启动直观且迅速。
潜在价值大:4位用户认为该框架在临床实践中可能“非常有帮助”,1位认为“有些帮助”。普遍认为有助于减少诊断相关时间和/或成本。
研究意义:开源标准化,铺平落地之路
这项研究犹如一座桥梁,成功地跨越了AI工具研究与临床应用之间的鸿沟。通过将标准化、开源的DL模型整合进AP-LIS,研究为病理诊断领域迎来“AI时代”奠定了坚实基础。它提供了一个标准化、可移植的开源解决方案,为未来大规模采用DL模型铺平了道路,最终目标是提高病理诊断效率和准确性,改善患者护理。结合更大规模的临床验证与合规性优化,有望推动AI真正成为病理医生的“第二大脑”。
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