antismash介绍

antiSMASH是目前寻找代谢基因簇最好的软件，一般情况下，参与代谢途径中生物合成酶的基因在染色体上成簇排列，基于指定类型的模型，可以准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。antiSMASH依赖的软件有ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。

antismash安装及使用

安装

1、conda 安装

      

2、docker安装

         

3、编译安装

首先利用conda构建专用环境、激活环境、安装依赖包

conda create -n antismash 
conda activate antismash 
conda install hmmer2 hmmer diamond fasttree prodigal blast muscle glimmerhmm

版本要求：版本过高可能会报错

1. 下载antismash安装包、解压缩、安装

wget https://dl.secondarymetabolites.org/releases/7.0.0/antismash-7.0.0.tar.gz 
tar -zxf antismash-7.0.0.tar.gz
pip install ./antismash-7.0.0
download-antismash-databases  #（下载依赖数据库，一般较慢，个人选择自己下载）

1. 自己下载数据库：

​
cd  antismash-7.0.0/antismash/databases

###clusterblast

wget https://dl.secondarymetabolites.org/releases/clusterblast/clusterblast_20190415.tar.xz

###Pfam

mkdir -p pfam/27.0    #进入下载 
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam27.0/Pfam-A.hmm.gz

mkdir -p pfam/31.0    #进入下载 
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam31.0/Pfam-A.hmm.gz

###Resfams.hmm

mkdir -p resfam    #进入下载 
wget  http://dantaslab.wustl.edu/resfams/Resfams.hmm.gz

​#下载后使用官方命令进行处理
download-antismash-databases
 
#加载注释文件：
antismash --prepare-data

提示meme没有安装

conda install meme

#重新加载文件：

antismash --prepare-data

#检测是否安装成功

antismash -h

 安装成功！

 使用

#1、快速运行（四核计算机运行一个细菌基因组大概2分钟）
antismash    *.gbk

#2、最小运行（四核计算机运行一个细菌基因组大概1分钟）
antismash  --minimal  *.gbk

#3、全功能运行 （四核计算机运行一个细菌基因组大概20分钟）
antismash  --cb-general    --cb-knownclusters  --cb-subclusters --asf  --pfam2go  --smcog-trees --output-dir output_dir *.gbk

常见错误

1、在分析长度低于1000的GBK文件时会报错

解决方案：长度太短不具参考价值，个人选择删了不要了

2、RuntimeError: Output directory contains other files, aborting for safety（输出文件存在其他文件错误）

解决方案，由于之前分析中断产生的文件， 把该输出文件夹删了重新运行就行

3、RuntimeError: diamond failed to run: blastp -> ['Error: The sequences are expected to be proteins but only contain DNA letters. Use the option --ignore-warnings to proceed.']（这些序列预计是蛋白质，但只包含DNA字母）

本地版的diamond版本为2.0.15，通过 conda install diamond=2.0.9 将其降低至2.0.9版本解决此问题

4、ERROR    04/08 09:09:50   translation longer than location allows: 486 > 485: R1CP_RS39210（转录本长度与locaion长度大小不匹配）

解决方案：按照报错转录本ID信息在输入文件中检索位置，并更改location（complement）的范围，将其长度改一致 。

更改前：

 

更改后：

参考链接：

        Installation - antiSMASH Documentation

        科学网—antismash 本地安装教程 - 周亮亮的博文