1. 主文件应该放在一级目录，不应该放在子文件下

2. reference.bib = main.tex

主文件和 参考文献名字得相同。reference.bib-> main.bib

3. 使用overleaf.com 中的submit， 选择 submit your paper to arXiv，按步骤进行操作。

选第一个license 就可以

https://blog.csdn.net/u010705932/article/details/105834469

可能出现的其他问题

cleveref

虽然把参考文献的引用搞定了，但我还是遇到了所有用 cleveref 宏包 \cref 命令的引用（公式、图表）全部都还是？？。根据http://tex.stackexchange.com/questions/276801/how-does-one-use-cleveref-in-an-arxiv-submission，原来问题出在 cleveref 必须在 hyperref之后 load。为了贴近发表后的效果，我是没有用 hyperref宏包，但 arXiv 的编译系统会自动添加 hyperref 宏包，这也就是为什么每篇 arXiv 论文都用红色和绿色引用方框的原因了。

避免出现 \cref 引用 ？？ 的解决办法是自己在 cleveref 之前 load hyperref，也就是

\usepackage{hyperref}
\usepackage{cleveref}

arxiv pdflatex

官方提示，arxiv默认使用pdflatex进行编译，可以通过在前5行显式的设置\pdfoutput=1来实现。（但我没设置这个也ok了，而且设置这个还报了个关于\documentclass{article}的错）
【来源：https://python.iitter.com/other/206567.html，转载请注明】