illumina甲基化芯片计算

illumina的软件（Illumina GenomeStudio软件）自动就把450k芯片的IDAT原始文件转换成了甲基化信号文件，一般是3~8列值每个样本。
使用Illumina的Bead Studio软件和甲基化模块v3.2计算每个CpG靶标的β值。
β值=来自甲基化珠粒类型的强度值/（来自甲基化的强度值+来自未甲基化珠粒类型的强度值+ 100）。
然后使用p值对数据进行质量过滤。
p值大于0.01的β值被认为低于最小强度，阈值显示为“NA”。

minfi包计算

minfi包的一个函数read.450k.exp也可以直接读取.IDAT文件
平均β=信号B /(信号A +信号B + 100)
通过计算甲基化（信号A）和未甲基化（信号B）等位基因之间的强度比来确定DNA甲基化水平（β值）。
具体地，β值是由甲基化（M对应于信号A）和未甲基化（U对应于信号B）等位基因的强度计算的，荧光信号的比率β= Max（M，0）/ [Max（ M，0）+ Max（U，0）+ 100]。
因此，β值的范围从0（完全未甲基化）到1（完全甲基化）

具体的β值的意义是：

• 任何等于或大于0.6的β值都被认为是完全甲基化的。
• 任何等于或小于0.2的β值被认为是完全未甲基化的。
• β值在0.2和0.6之间被认为是部分甲基化的。