最近有人问我freesurfer怎么安装，因为要用到图像分割，我试了一下还算简单，但是相关的博客不多，就分享一下供大家借鉴。

下载freesurfer

这里查看github内容，不过我没细看，直接找安装包即可
源码位置
下载链接

我用的ubuntu22,找到上面那个下载即可

4安装

sudo dpkg -i freesurfer_ubuntu22-8.0.0-beta_amd64.deb

报错

正在选中未选择的软件包 freesurfer。
(正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 180812 个文件和目录。)
准备解压 freesurfer_ubuntu22-8.0.0-beta_amd64.deb  ...
正在解压 freesurfer (8.0.0-beta) ...
dpkg: 依赖关系问题使得 freesurfer 的配置工作不能继续：
 freesurfer 依赖于 libx11-dev；然而：
  未安装软件包 libx11-dev。
 freesurfer 依赖于 gettext；然而：
  未安装软件包 gettext。
 freesurfer 依赖于 xterm；然而：
  未安装软件包 xterm。
 freesurfer 依赖于 csh；然而：
  未安装软件包 csh。
 freesurfer 依赖于 tcsh；然而：
  未安装软件包 tcsh。
 freesurfer 依赖于 xorg-dev；然而：
  未安装软件包 xorg-dev。
 freesurfer 依赖于 libncurses5；然而：
  未安装软件包 libncurses5。
 freesurfer 依赖于 libjpeg62 (>= 6b1)；然而：
  未安装软件包 libjpeg62。

dpkg: 处理软件包 freesurfer (--install)时出错：
 依赖关系问题 - 仍未被配置
正在处理用于 libc-bin (2.35-0ubuntu3.8) 的触发器 ...
/sbin/ldconfig.real: /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_cnn_train.so.8 is not a symbolic link

/sbin/ldconfig.real: /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_cnn_infer.so.8 is not a symbolic link

/sbin/ldconfig.real: /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_adv_infer.so.8 is not a symbolic link

/sbin/ldconfig.real: /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_adv_train.so.8 is not a symbolic link

/sbin/ldconfig.real: /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn.so.8 is not a symbolic link

/sbin/ldconfig.real: /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_ops_train.so.8 is not a symbolic link

/sbin/ldconfig.real: /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_ops_infer.so.8 is not a symbolic link

在处理时有错误发生：
 freesurfer

见解决软链接问题

sudo ln -sf /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_cnn_train.so.8.9.7 /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_cnn_train.so.8
sudo ln -sf /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_adv_infer.so.8.9.7 /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_adv_infer.so.8
sudo ln -sf /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn.so.8.9.7 /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn.so.8
sudo ln -sf /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_ops_train.so.8.9.7 /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_ops_train.so.8
sudo ln -sf /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_ops_infer.so.8.9.7 /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_ops_infer.so.8
sudo ln -sf /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_adv_train.so.8.9.7 /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_adv_train.so.8
sudo ln -sf /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_cnn_infer.so.8.9.7 /usr/local/cuda-12.4/targets/x86_64-linux/lib/libcudnn_cnn_infer.so.8

再解决依赖包未安装问题

这里要注意，有的说法是先需要安装一些基础依赖，再安装freesurfer即可

sudo apt-get install tcsh libjpeg62 libxext6 libxt6 libxmu6 libxi6 libglu1-mesa	

但是，没用，依然会提示依赖包问题。

正确做法：

sudo apt --fix-broken install

log:

正在读取软件包列表... 完成
正在分析软件包的依赖关系树... 完成
正在读取状态信息... 完成                 
正在修复依赖关系... 完成
将会同时安装下列软件：
  csh gettext libbrotli-dev libdmx-dev libdmx1 libdrm-dev libexpat1-dev libfontconfig-dev libfontconfig1-dev libfontenc-dev libfreetype-dev
  libfreetype6-dev libfs-dev libfs6 libgl-dev libglx-dev libice-dev libjpeg62 libncurses5 libpciaccess-dev libpixman-1-dev libpng-dev libpng-tools
  libpthread-stubs0-dev libsm-dev libtinfo5 libutempter0 libx11-dev libxau-dev libxaw7-dev libxcb1-dev libxcomposite-dev libxcursor-dev
  libxcvt-dev libxdamage-dev libxdmcp-dev libxext-dev libxfixes-dev libxfont-dev libxft-dev libxi-dev libxinerama-dev libxkbfile-dev libxmu-dev
  libxmu-headers libxmuu-dev libxpm-dev libxrandr-dev libxrender-dev libxres-dev libxss-dev libxt-dev libxtst-dev libxv-dev libxvmc-dev
  libxxf86dga-dev libxxf86vm-dev mesa-common-dev tcsh x11proto-dev xorg-dev xorg-sgml-doctools xserver-xorg-dev xterm xtrans-dev
建议安装：
  gettext-doc autopoint libasprintf-dev libgettextpo-dev freetype2-doc libice-doc libsm-doc libx11-doc libxaw-doc libxcb-doc libxext-doc libxt-doc
  xfonts-cyrillic
下列【新】软件包将被安装：
  csh gettext libbrotli-dev libdmx-dev libdmx1 libdrm-dev libexpat1-dev libfontconfig-dev libfontconfig1-dev libfontenc-dev libfreetype-dev
  libfreetype6-dev libfs-dev libfs6 libgl-dev libglx-dev libice-dev libjpeg62 libncurses5 libpciaccess-dev libpixman-1-dev libpng-dev libpng-tools
  libpthread-stubs0-dev libsm-dev libtinfo5 libutempter0 libx11-dev libxau-dev libxaw7-dev libxcb1-dev libxcomposite-dev libxcursor-dev
  libxcvt-dev libxdamage-dev libxdmcp-dev libxext-dev libxfixes-dev libxfont-dev libxft-dev libxi-dev libxinerama-dev libxkbfile-dev libxmu-dev
  libxmu-headers libxmuu-dev libxpm-dev libxrandr-dev libxrender-dev libxres-dev libxss-dev libxt-dev libxtst-dev libxv-dev libxvmc-dev
  libxxf86dga-dev libxxf86vm-dev mesa-common-dev tcsh x11proto-dev xorg-dev xorg-sgml-doctools xserver-xorg-dev xterm xtrans-dev
升级了 0 个软件包，新安装了 65 个软件包，要卸载 0 个软件包，有 56 个软件包未被升级。
有 1 个软件包没有被完全安装或卸载。
需要下载 9,924 kB 的归档。
解压缩后会消耗 33.2 MB 的额外空间。
您希望继续执行吗？ [Y/n] y
获取:1 http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu jammy/main amd64 xorg-sgml-doctools all 1:1.11-1.1 [10.9 kB]
获取:2 http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu jammy/main amd64 x11proto-dev all 2021.5-1 [604 kB]
获取:3 http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu jammy/main amd64 libxau-dev amd64 1:1.0.9-1build5 [9,724 B]
...................
正在设置 libxcursor-dev:amd64 (1:1.2.0-2build4) ...
正在设置 libxxf86dga-dev:amd64 (2:1.1.5-0ubuntu3) ...
正在设置 libxxf86vm-dev:amd64 (1:1.1.4-1build3) ...
正在设置 libxfont-dev (1:2.0.5-1build1) ...
正在设置 libxmu-dev:amd64 (2:1.1.3-3) ...
正在设置 libxss-dev:amd64 (1:1.2.3-1build2) ...
正在设置 libxv-dev:amd64 (2:1.0.11-1build2) ...
正在设置 libxrandr-dev:amd64 (2:1.5.2-1build1) ...
正在设置 libxinerama-dev:amd64 (2:1.1.4-3) ...
正在设置 libxaw7-dev:amd64 (2:1.0.14-1) ...
正在设置 mesa-common-dev:amd64 (22.0.1-1ubuntu2) ...
正在设置 libxmuu-dev:amd64 (2:1.1.3-3) ...
正在设置 libxvmc-dev:amd64 (2:1.0.12-2build2) ...
正在设置 xserver-xorg-dev (2:21.1.4-2ubuntu1.7~22.04.12) ...
正在设置 xorg-dev (1:7.7+23ubuntu2) ...
正在设置 freesurfer (8.0.0-beta) ...
正在处理用于 libc-bin (2.35-0ubuntu3.8) 的触发器 ...

此时再执行安装

(fastsurfer) fufu@fufu-Precision-3680:/media/DATA/downloads$ sudo dpkg -i freesurfer_ubuntu22-8.0.0-beta_amd64.deb 
(正在读取数据库 ... 系统当前共安装有 261890 个文件和目录。)
准备解压 freesurfer_ubuntu22-8.0.0-beta_amd64.deb  ...
正在解压 freesurfer (8.0.0-beta) 并覆盖 (8.0.0-beta) ...
正在设置 freesurfer (8.0.0-beta) ...
正在处理用于 libc-bin (2.35-0ubuntu3.8) 的触发器 ...
(fastsurfer) fufu@fufu-Precision-3680:/media/fufu/DATA/downloads$ 

设置环境变量‌

编辑~/.bashrc文件，添加以下内容以设置环境变量：

sudo vi ~/.bashrc
# 进入后添加：
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/8.0.0-beta
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

退出后记得关掉终端或执行：source ~/.bashrc
会有点内容出来

Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME   /usr/local/freesurfer/8.0.0-beta
FSFAST_HOME       /usr/local/freesurfer/8.0.0-beta/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR      /home/fufu/datasets/freesurfer
INFO: /home/fufu/matlab/startup.m does not exist ... creating
MNI_DIR           /usr/local/freesurfer/8.0.0-beta/mni

‌测试安装‌：为了测试FreeSurfer是否安装成功，可以使用以下命令：
recon-all --help
有内容就ok了

以上，有问题留言讨论，不定期会看