摘要

在去年就有接触过PGAP，他是NCBI上的基因组注释工具，去年我也学习过官方的教学视频，做了读书笔记。但是并没有进行实际操作。直到最近要开始进行3代的基因组组装注释分析了，才发现操作中有很多问题需要解决。在此，特地记录一下PGAP的使用方法。

安装工具

下载链接：PGAP

解压安装包：

tar -xvf pgap-2021-07-01.build5508.tar.gz

解压之后会有一个是pgap-2021-07-01.build5508的文件夹

第一个重点来了！！！

对pgap-2021-07-01.build5508的文件夹重命名，删除版本号，只保留pgap。原因是源代码内的路径显示是使用的path/to/pgap/……因此，这里需要对文件进行重命名。

操作命令

pgap/scripts/pgap.py Assemble3/1_1_CGBWG210319/04.PGAP/input.yaml -o Assemble3/1_1_CGBWG210319/04.PGAP/ -r --ignore-all-errors --no-internet --no-self-update

第二个重点！！

这里的参数非常重要，尤其是–no-self-update。否则十有八九会遇到更新报错的问题。另外–no-internet同样是避免检查版本。可能与网络环境有关，不过我的办公电脑是处于翻墙状态也不能正常运行，所以建议加上这个参数。
-r : 生成报告

如果工具开始调用docker了，说明你成功了。第一次使用工具会通过docker下载数据库，下载完成后会自动开始比对注释。

结果展示

分析完成后结果如图所示：

我们要交付的注释结果是以annot开头的几个文件。

总结

官方视频主要介绍了产品的框架和分析流程。但是安装部分描述过于简单，看了等于没看，要解决安装上的问题，还得自己摸索。

最近有不少小伙伴在后台私信我问题，但是有些问题我自己也没法回答，于是打算了建群，有问题的小伙伴欢迎加入生信流程交流群，或者VX：bbplayer2021邀请进群，里面有名校学生，也有大厂工程师。