处理AAL的.nii文件：python获取AAL的各个区域的质心坐标
编号名字200120022101210221112112220122022211221223012302231123122321232223312332240124022501250226012602261126122701Rectus_L2702Rectus_R3001Insula_L3002Insula_R40014002401140124021402241014102411141124201
·
一、AAL的116个分区
编号 |
名字 |
| 2001 | Precentral_L |
| 2002 | Precentral_R |
| 2101 | Frontal_Sup_L |
| 2102 | Frontal_Sup_R |
| 2111 | Frontal_Sup_Orb_L |
| 2112 | Frontal_Sup_Orb_R |
| 2201 | Frontal_Mid_L |
| 2202 | Frontal_Mid_R |
| 2211 | Frontal_Mid_Orb_L |
| 2212 | Frontal_Mid_Orb_R |
| 2301 | Frontal_Inf_Oper_L |
| 2302 | Frontal_Inf_Oper_R |
| 2311 | Frontal_Inf_Tri_L |
| 2312 | Frontal_Inf_Tri_R |
| 2321 | Frontal_Inf_Orb_L |
| 2322 | Frontal_Inf_Orb_R |
| 2331 | Rolandic_Oper_L |
| 2332 | Rolandic_Oper_R |
| 2401 | Supp_Motor_Area_L |
| 2402 | Supp_Motor_Area_R |
| 2501 | Olfactory_L |
| 2502 | Olfactory_R |
| 2601 | Frontal_Sup_Medial_L |
| 2602 | Frontal_Sup_Medial_R |
| 2611 | Frontal_Med_Orb_L |
| 2612 | Frontal_Med_Orb_R |
| 2701 | Rectus_L |
| 2702 | Rectus_R |
| 3001 | Insula_L |
| 3002 | Insula_R |
| 4001 | Cingulum_Ant_L |
| 4002 | Cingulum_Ant_R |
| 4011 | Cingulum_Mid_L |
| 4012 | Cingulum_Mid_R |
| 4021 | Cingulum_Post_L |
| 4022 | Cingulum_Post_R |
| 4101 | Hippocampus_L |
| 4102 | Hippocampus_R |
| 4111 | ParaHippocampal_L |
| 4112 | ParaHippocampal_R |
| 4201 | Amygdala_L |
| 4202 | Amygdala_R |
| 5001 | Calcarine_L |
| 5002 | Calcarine_R |
| 5011 | Cuneus_L |
| 5012 | Cuneus_R |
| 5021 | Lingual_L |
| 5022 | Lingual_R |
| 5101 | Occipital_Sup_L |
| 5102 | Occipital_Sup_R |
| 5201 | Occipital_Mid_L |
| 5202 | Occipital_Mid_R |
| 5301 | Occipital_Inf_L |
| 5302 | Occipital_Inf_R |
| 5401 | Fusiform_L |
| 5402 | Fusiform_R |
| 6001 | Postcentral_L |
| 6002 | Postcentral_R |
| 6101 | Parietal_Sup_L |
| 6102 | Parietal_Sup_R |
| 6201 | Parietal_Inf_L |
| 6202 | Parietal_Inf_R |
| 6211 | SupraMarginal_L |
| 6212 | SupraMarginal_R |
| 6221 | Angular_L |
| 6222 | Angular_R |
| 6301 | Precuneus_L |
| 6302 | Precuneus_R |
| 6401 | Paracentral_Lobule_L |
| 6402 | Paracentral_Lobule_R |
| 7001 | Caudate_L |
| 7002 | Caudate_R |
| 7011 | Putamen_L |
| 7012 | Putamen_R |
| 7021 | Pallidum_L |
| 7022 | Pallidum_R |
| 7101 | Thalamus_L |
| 7102 | Thalamus_R |
| 8101 | Heschl_L |
| 8102 | Heschl_R |
| 8111 | Temporal_Sup_L |
| 8112 | Temporal_Sup_R |
| 8121 | Temporal_Pole_Sup_L |
| 8122 | Temporal_Pole_Sup_R |
| 8201 | Temporal_Mid_L |
| 8202 | Temporal_Mid_R |
| 8211 | Temporal_Pole_Mid_L |
| 8212 | Temporal_Pole_Mid_R |
| 8301 | Temporal_Inf_L |
| 8302 | Temporal_Inf_R |
| 9001 | Cerebelum_Crus1_L |
| 9002 | Cerebelum_Crus1_R |
| 9011 | Cerebelum_Crus2_L |
| 9012 | Cerebelum_Crus2_R |
| 9021 | Cerebelum_3_L |
| 9022 | Cerebelum_3_R |
| 9031 | Cerebelum_4_5_L |
| 9032 | Cerebelum_4_5_R |
| 9041 | Cerebelum_6_L |
| 9042 | Cerebelum_6_R |
| 9051 | Cerebelum_7b_L |
| 9052 | Cerebelum_7b_R |
| 9061 | Cerebelum_8_L |
| 9062 | Cerebelum_8_R |
| 9071 | Cerebelum_9_L |
| 9072 | Cerebelum_9_R |
| 9081 | Cerebelum_10_L |
| 9082 | Cerebelum_10_R |
| 9100 | Vermis_1_2 |
| 9110 | Vermis_3 |
| 9120 | Vermis_4_5 |
| 9130 | Vermis_6 |
| 9140 | Vermis_7 |
| 9150 | Vermis_8 |
| 9160 | Vermis_9 |
| 9170 | Vermis_10 |
二、AAL的分区图
上图是根据AAL的.nii文件绘制出的分区结果图，如果要想细看每个分区的情况，可以下载 ITK-SNAP软件（官网免费），然后直接打开AAL的nii文件，如下图所示：
然后打开segmentation
再次选中AAL.nii文件，可以移动光标从各个维度上查看各个分区
三、通过python 来下载AAL的.nii文件并获取其质心坐标
from nilearn import plotting,datasets
import nibabel
#获取AAL
aal = datasets.fetch_atlas_aal(version='SPM12', data_dir=None)
coords = plotting.find_parcellation_cut_coords(labels_img=aal.maps)#大小为(116,3) 坐标
#绘制
aal_maps = nibabel .load(aal.maps)
plotting.plot_roi(aal_maps, title="AAL", display_mode='ortho', cut_coords=(0, 0, 0))
plotting.show()
有“AI”的1024 = 2048，欢迎大家加入2048 AI社区
更多推荐
9
0- 0
已为社区贡献3条内容
所有评论(0)