MS中Perl脚本实现原子随机掺杂(或生成空位)
以Au与Pt按一定比例随机掺杂建立混合模型为例,注意思路是Au中原子被Pt取代,初始模型皆是从MS模型库中导入的,脚本使用时仅需做少量更改即可。
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MS中Perl脚本实现原子随机掺杂或生成空位
以Au与Pt按一定比例随机掺杂建立混合模型为例,注意思路是Au中原子被Pt取代,初始模型皆是从MS模型库中导入的,脚本使用时仅需做少量更改即可。
1、初始模型
2、确定原子掺杂比例
单击Au中某一个原子,之后在Properties (1) 中点击IsMixtureAtom (2) ,点击Add (3) 添加第二种原子类型,选择为Pt (4) ,并更改掺杂的比例为12.5% (5) ,最后更改Au比例为87.5% (6) 。
3、建立perl脚本文件
4、Perl脚本内容
代码附上,使用只用改参数(Au.xsd以及($disorderedStructure,2,2,1))即可,注意两点:(1)这里建立超胞越大,原子数越多,可能的掺杂情况也就越多,计算就越慢。(2)根据掺杂比例建立超胞,比如本示例掺杂比例为7:1,因此Au超胞至少有8个原子,导入的原胞只有4个原子,因此至少(2,1,1)的超胞才能完成此次原子替换。
#!perl
use strict;
use Getopt::Long;
use MaterialsScript qw(:all);
my $disorderedStructure = $Documents{"Au.xsd"};
my $results = Tools->Disorder->statisticalDisorder->GenerateSupercells
($disorderedStructure,2,2,1); #build supercell
my $table = $results->StudyTable;
print "Number of disorder configurations generatured:".$results->NumTrreducibleConfigurations."\n";
5、运行脚本,查看结果
结果如下,脚本下方提示运行完成生产了5中体系,表示Pt掺杂位置不同的五种结构,可以再std文件中查看。
STD文件中第二列为该结构类型的等效结构有多少种,第三列为该结构原子排列情况。
7、生成空位
生成空位也利用上述脚本,不同之处在于修改的是Occurpancy来定义空位比,而不是替换的IsMixtureAtom,其余操作相同。
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