数据库的功能主要还是用来预测成分靶点。

从 PubChem 数据库里下载成分的结构文件(*.SDF):

①打开 PharmMapper 网页,点击【Submit Job】(如下图)

 输入成分的sdf文件,输入一个邮箱(出结果会短信通知这个邮箱,因为这个结果很慢....)

②参考文献的设置一样,最大生成构象设置300(框①),靶点类型选择仅人类蛋白靶点(框②):

 最后提交(加载缓慢......)

 完成提交,可以得到一个任务ID(框①),保存这个ID,可以在【check Job】(框②)里查看任务运行的状态,若是运行成功或是受到短信,可以凭借这个ID在【Get Result】里查看和下载结果。

③收到邮箱通知,从get resulr里下载csv文件:

④筛选,在unprot里进行ID转换:

由拟合分数(Norm Fit)>0.9(框①)作为筛选数据的条件

用表中的Uniprot列在 Uniprot 里进行基因名转换:

 如下图,粘贴文件里的基因id,进行名称转换(选择Gene name(框①)):

将结果复制到excel表中,得到对应的基因名。

这样,就算在pharmMapper里完成一个成分的靶点预测。

多个成分就类似的重复操作。

参考视频:

中药复方网路药理学:5. PharmMapper的使用_哔哩哔哩_bilibili

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