VMD导入GRMOCAS生成的轨迹文件

gromacs轨迹文件导入VMD详细步骤

ZXY_UPC

5015人浏览 · 2024-06-05 22:58:12

ZXY_UPC · 2024-06-05 22:58:12 发布

本文记录将GROMACS生成的规矩文件导入VMD显示的具体操作步骤。参考链接为：

如何用VMD保存和查看gromacs的模拟轨迹 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)

1. 准备好GROMACS模拟生成的gro文件和轨迹文件(.xtc)，如下图所示。

2. 打开VMD程序，首先加载.gro文件。直接将文件拖入VMD即可打开。加载成功后的界面如下图所示。这里的结构是含水石英狭缝。

3. 删除此gro文件的帧（因为轨迹文件xtc中已经包含这一帧了）。操作方法是，选中此文件=>右击=>选择Delete Frames。如下左图所示。而后会弹出对话框，在Last后的输入框中输入1，点击Delete，如下中间图所示。此时，Frames处的数值为0，表示帧已经被成功删除，如下右图所示。

4. 加载轨迹文件到gro文件中。具体操作方式为：选中并右击该gro文件，选择Load Data into Molecule，如下左图所示。而后会弹出对话框如下右图所示，依次选择Browse=>加载xtc文件，Determine file type里初始状态为Automatically,加载后会自动识别=>点击Load all at once （加载更快）=>点击Load。

加载成功后的结果如下左图所示。可以更换显示方式为vdW（Graphics=>Representations=>Drawing Method => VDW），避免键的混乱显示，如下右图所示。

END

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