2024年12月,安装Seurat【v4.4.0】、SeuratObject【v4.1.4】、SeuratDisk【v0.0.0.9021】及SingleCellExperiment【v1.28.1】
2024年12月,安装Seurat【v4.4.0】、SeuratObject【v4.1.4】、SeuratDisk【v0.0.0.9021】及SingleCellExperiment【v1.28.1】
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2024年12月,安装Seurat【v4.4.0】、SeuratObject【v4.1.4】、SeuratDisk【v0.0.0.9021】及SingleCellExperiment【v1.28.1】
这东西真难装,win、mac没验证过。
参考:
https://www.jianshu.com/p/7e67351b1785
https://zhuanlan.zhihu.com/p/715555692
https://blog.csdn.net/m0_60116853/article/details/140189965
http://www.biocloudservice.com/wordpress/?p=29403
https://mp.weixin.qq.com/s/CmYP01XGXn4LDbmu-Cdl_Q
https://mp.weixin.qq.com/s/NJ5lIeJ9qUVWaz_tXZtk1A 【好】
在shell中
conda create -n R4.4.1 python=3.8 -y
conda activate R4.4.1
conda install -c conda-forge r-base=4.4.1 -y
conda install -c anaconda hdf5 -y
在R中
# 在R中安装Seurat、SeuratObject
install.packages('Seurat') # 先装Seurat5,再卸载,装Seurat4
remove.packages(c("Seurat","SeuratObject"))
install.packages('Seurat', repos = c('https://satijalab.r-universe.dev'))
packageVersion('Seurat') # 4.4.0
packageVersion("SeuratObject") # 4.1.4
# 安装SeuratDisk
install.packages("remotes")
remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk")
packageVersion("SeuratDisk") # 0.0.0.9021
# 安装SingleCellExperiment
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install('SingleCellExperiment')
packageVersion("SingleCellExperiment") # 1.28.1
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