背景知识：MCP 是什么？

MCP（Model Context Protocol）是一种基于 JSON-RPC over stdio 的协议，用于 LLM 工具调用。它要求：

• 客户端（如 Spring AI）通过 stdin/stdout 与一个 独立的 MCP 服务进程 通信；

• 所有通信内容必须是 严格的 JSON-RPC 2.0 格式；

• 不能混入任何非 JSON 内容（比如日志、堆栈跟踪、启动信息等）。

问题详情

问题：遇到客户端调用MCP-Server服务时无法初始化对应的server，报错信息如下

25-12-02.14:22:58.428 [pool-2-thread-1 ] ERROR StdioClientTransport   - Error processing inbound message for line: 2025-12-02T14:22:58.425+08:00  INFO 72396 --- [okk-mcp-server-article] [           main] c.o.m.server.article.McpServerApplication   : Starting McpServerApplication v1.0-SNAPSHOT using Java 17.0.12 with PID 72396 (/Users/repository/com/okkform/api/mcp-server-article-job/1.0-SNAPSHOT/mcp-server-article-job-1.0-SNAPSHOT.jar started by vector in /Users/okk-mcp)
com.fasterxml.jackson.core.JsonParseException: Unexpected character ('-' (code 45)): Expected space separating root-level values
 at [Source: REDACTED (`StreamReadFeature.INCLUDE_SOURCE_IN_LOCATION` disabled); line: 1, column: 5]
        at com.fasterxml.jackson.core.JsonParser._constructReadException(JsonParser.java:2660)

表示客户端在启动时尝试解析日志输出为 JSON-RPC 消息失败，从而导致整个 Spring Boot 应用上下文初始化失败。其中关键信息在于

com.fasterxml.jackson.core.JsonParseException: Unexpected character ('-' (code 45)): Expected space separating root-level values
...
at io.modelcontextprotocol.spec.McpSchema.deserializeJsonRpcMessage(McpSchema.java:153)

说明客户端(StdioClientTransport) 正在从标准输入/输出流中读取数据，并试图将其解析为JSON-RPC 格式的消息，但是接收到的确实普通的Spring Boot启动日志，（例如 2025-12-02T14:22:58.425+08:00 INFO ...），这显然不是合法的 JSON。

✅结论：你MCP 客户端被错误地连接到了 应用自身的 stdout/stderr 日志流，而不是一个真正的 MCP 服务进程的标准输入/输出，又或者说MCP服务的相关日志输出设置不符合 JSON-RPC over stdio 的协议。

首先是设置MCP客户端本身的logback-spring.xml尝试禁用日志对 stdout 的干扰，禁止将日志打印到控制台（console appender），只写入文件：

<configuration>
  <appender name="FILE" class="ch.qos.logback.core.FileAppender">
    <file>logs/mcp-server.log</file>
    <encoder><pattern>%d{HH:mm:ss.SSS} [%thread] %-5level %logger{36} - %msg%n</pattern></encoder>
  </appender>
​
  <!-- 不要添加 CONSOLE appender -->
​
  <root level="INFO">
    <appender-ref ref="FILE" />
  </root>
</configuration>

<configuration>
  <appender name="FILE" class="ch.qos.logback.core.FileAppender">
    <file>logs/mcp-server.log</file>
    <encoder><pattern>%d{HH:mm:ss.SSS} [%thread] %-5level %logger{36} - %msg%n</pattern></encoder>
  </appender>
​
  <!-- 不要添加 CONSOLE appender -->
​
  <root level="INFO">
    <appender-ref ref="FILE" />
  </root>
</configuration>

这样，MCP 服务启动时就不会往 stdout 输出日志，客户端也就不会误解析。

但是还是无法解决，那么就可以基本确定问题在于MCP服务输出的有问题，因此去查看一下对应MCP服务的application.yml确定了问题所在，因为使用的是stdio模式调用，因此需要保证只输出 JSON-RPC，需要在application.yml中开启spring.main.web-application-type: none，否则会默认值为servlet，默认启用 Web 应用，会启动内嵌服务器（如 Tomcat） ，就会打印出启动相关日志、Web 特有组件日志等，导致MCP客户端解析失败。同时还需要在MCP服务中设置logging.pattern.console:日志格式配置，表示设置为空值表示不使用自定义的控制台日志格式，简化日志输出格式，适配 stdio 模式运行环境。

正确配置如下

spring:
  ...
  main:
    banner-mode: off
    web-application-type: none
​
logging:
  pattern:
    console:
  file:
    name: data/log/${spring.application.name}.log